Sonic, Knuckles e Tails se reúnem contra um novo e poderoso adversário, Shadow, um vilão misterioso com poderes diferentes de tudo o que já enfrentaram antes. Com suas habilidades excepcionais, a Equipe Sonic busca uma aliança improvável.

O agente do FBI, Danny McNamara e Lexi, uma esperta ladra de objetos de luxo, precisam encontrar um dos tesouros mais valiosos do mundo e impedir os planos de um terrorista.