After losing her parents in a car accident, Okko starts living in the countryside with her grandmother who runs a traditional Japanese inn. While she prepares to be the next owner of the inn, Okko can somehow see friendly ghosts.

Mitsuha é a filha do prefeito de uma pequena cidade, mas sonha em tentar a sorte em Tóquio. Taki trabalha em um restaurante em Tóquio e deseja largar o seu emprego. Os dois não se conhecem, mas estão conectados pelas imagens de seus sonhos.

Designado para uma missão para capturar Mukade, Naruto Uzumaki viaja para as ruínas de outra gloriosa histórica Rouran, onde persegue e encurrala o ninja. Mukade revelou a linha dormente dentro das ruínas, ele amplia o poder da linha temporal, causando uma luz para envolver Naruto, enviando-lhe vinte anos no passado. Quando Naruto acorda, ele entra em contato com seu pai.

Rintaro é um auto-proclamado cientista louco que acredita que uma organização internacional está conspirando para remodelar o mundo de acordo com seus próprios interesses. Ele e seu amigo Itaru inadvertidamente criam um dispositivo capaz de enviar mensagens para o passado. A descoberta e experimentação deste instrumento torna-se o catalisador de alterações fundamentais para o presente. Alheio das consequências de suas ações, Rintaro e seus amigos acabam criando modificações de proporções graves. Agora ele deve tentar encontrar uma maneira de voltar a linha do tempo para o mais próximo possível do original, para salvar os preciosos membros do laboratório.