O destino da cidade do Rio de Janeiro e de Nascimento se cruzam em "Tropa de Elite 2", quando suas obrigações de pai se chocam com as de policial. Mais maduro, estratégico e solitário, o agora Coronel Nascimento faz o bope crescer e coloca o tráfico de drogas de joelho. Isto apenas para descobrir que na segurança pública do Rio de Janeiro nada é o que parece. O sistema se reinventa e descobre como lucrar sem o intermédio do tráfico. Em perseguição ao caminho trilhado pelo sistema, Nascimento vai além dos limites do quartel, revelando as ligações das milícias com o Estado. E o preço por essa descoberta é alto: o inimigo agora é outro.

Anos 70, presídio da Ilha Grande, no Rio de Janeiro. Um grupo de presos resolve se unir para lutar por direitos e ideais coletivos. William (Daniel de Oliveira) é um dos líderes deste grupo, que fundou o Comando Vermelho. A nova organização cria uma conduta de solidariedade entre os presos, algo inédito até então. No início dos anos 80 o Comando Vermelho passa a agir nas ruas do Rio de Janeiro, realizando ousados assaltos.